Bio Grid Computing and Biosciences Research Application

바이오그리드 컴퓨팅과 생명과학 연구에의 활용

  • Kim, Tae-Ho (Department of Physiology and Biophysics, College of Medicine, Inje University) ;
  • Kim, Eui-Yong (Department of Physiology and Biophysics, College of Medicine, Inje University) ;
  • Youm, Jae-Boum (Department of Physiology and Biophysics, College of Medicine, Inje University) ;
  • Kho, Weon-Gyu (Department of Parasitology, College of Medicine, Inje University) ;
  • Gwak, Heui-Chul (Department of Orthopedic Surgery, College of Medicine, Inje University) ;
  • Joo, Hyun (Department of Physiology and Biophysics, College of Medicine, Inje University)
  • 김태호 (인제대학교 의과대학 생리학교실) ;
  • 김의용 (인제대학교 의과대학 생리학교실) ;
  • 염재범 (인제대학교 의과대학 생리학교실) ;
  • 고원규 (인제대학교 의과대학 기생충학교실) ;
  • 곽희철 (인제대학교 의과대학 정형외과) ;
  • 주현 (인제대학교 의과대학 생리학교실)
  • Published : 2007.06.30

Abstract

생물정보학은 컴퓨터를 이용하여 방대한 양의 생물학적 데이터를 처리하고 그 결과를 분석하는 학문으로서 IT의 고속성장과 맞물려 점차 그 활용도를 넓혀가고 있다. 특히 의학, 생명과학 연구에 사용되는 데이터는 그 종류도 다양하고 크기가 매우 큰 것이 일반적인데, 이의 처리를 위해서는 고속 네트워크가 바탕이 된 그리드-컴퓨팅(Grid-Computing) 기술 접목이 필연적이다. 고속 네트워크 기술의 발전은 슈퍼컴퓨터를 대체해 컴퓨터 풀 내에 분산된 시스템들을 하나로 묶을 수 있는 그리드-컴퓨팅 분야를 선도하고 있다. 최근 생물정보학 분야에서도 이처럼 발전된 고성능 분산 컴퓨팅 기술을 이용하여 데이터의 신속한 처리와 관리의 효율성을 증대시키고 있는 추세이다. 그리드-컴퓨팅 기술은 크게 데이터 가공을 위한 응용 프로그램 개발과 데이터 관리를 위한 데이터베이스 구축으로 구분 지을 수 있다. 전자에 해당하는 생물정보 연구용 프로그램들은 mpiBLAST, ClustalW-MPI와 같은 MSA서열정렬 프로그램들을 꼽을 수 있으며, BioSimGrid, Taverna와 같은 프로젝트는 그리드-데이터베이스 (Grid-Database)기술을 바탕으로 개발되었다. 본 고에서는 미지의 생명현상을 탐구하고 연구하기 위하여 현재까지 개발된 그리드-컴퓨팅 환경과 의생명과학 연구를 위한 응용 프로그램들, 그리고 그리드-데이터베이스 기술 등을 소개한다.