A Position-Based Block Similarity Computing Method for Similar Transcript Model Search

유사 전사체 모델 탐색을 위한 위치 기반 블록 간의 유사도 비교 기법

  • Kim, Sora (Dept. of Computer Engineering, Pusan National University) ;
  • Park, TaeWon (Dept. of Computer Engineering, Pusan National University) ;
  • Hwang, HyeRyeon (Dept. of Computer Engineering, Pusan National University) ;
  • Cho, Hwan-Gue (Dept. of Computer Engineering, Pusan National University)
  • 김소라 (부산대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 박태원 (부산대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 황혜련 (부산대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 조환규 (부산대학교 컴퓨터공학과)
  • Published : 2012.11.22

Abstract

전사체(transcript)는 유전자로부터 전사된 DNA 시퀀스 코드를 말한다. 전사체(transcript)의 발현된 형태에 따라 생성되는 단백질의 형태 역시 달라지므로 전사체 모델의 형태는 중요한 의미를 가지며 특정 위치의 전사체가 정상과 다르게 모델이 변할 경우 심각한 경우에는 유전자 질병에 노출될 수 있다. 현재 실험체에 대한 전사체 모형은 SpliceGrapher, Cufflinks와 같은 상용화된 도구들을 사용하여 얻을 수 있다. 하지만 이런 도구 간의 결과 값 및 어노테이션 정보와 결과 값 간의 유사도 비교를 위한 방법론은 현재 알려진 바 없다. 대신 전사체 비교를 위해 모형 간의 차이를 눈으로 하나씩 비교하거나 전사체 위치를 이용한 산수 값을 이용한다. 본 논문에서는 전사체 모형 간의 유사도를 비교하기 위한 방법론을 제시하고 Homo sapiens grch37 어노테이션 파일과 SRR387514 실험 데이터 간의 유사도를 제시한 방법론을 이용하여 측정한 결과 값을 분석하였다.

Keywords

Acknowledgement

Supported by : 질병관리본부